隨著現代工業的發展及工業品的廣泛應用，工業化學品已大量進入環境，普遍存在于土壤、水體、生物、空氣及大氣降塵物中，成為環境中無處不在的污染物。HPLC已經并將仍然是環境污染物分離分析的重要工具。

多環芳烴(PHAs)分析：
多環芳烴由有機燃料及其未*燃燒而產生，是引起癌癥的有害物質。反相鍵合色譜柱可用于其分離。紫外/可見檢測器檢測，二極管陣列檢測器可在不同波長下檢測各種多環芳烴，濃度較低時可用熒光檢測器檢測。

酚類及胺類分析：
工業廢水中的苯酚、烷基酚、芳香族化合物等，可用反相色譜柱分離，紫外/可見檢測器檢測。
 

表面活性劑分析：
反相離子對色譜、氨基鍵合色譜柱可用于表面活性劑類的分離。由于表面活性劑多缺少生色團，多用示差折光檢測器、電化學檢測器、或者衍生后使用紫外/可見檢測器檢測。